Hydrogenperoksid av matkvalitet er et høyeffektivt og bredspektret desinfeksjonsmiddel i rekkefølgen av desinfeksjonsmidler. Fordi det ikke etterlater skadelige rester etter desinfeksjon og sterilisering, har det blitt en trygg, grønn og sunn mat.
Hydroksylmolekylene i hydrogenperoksid av matkvalitet og dets derivater kan direkte virke på bakteriens ytre strukturelle membran, ødelegge permeabilitetsbarrieren til bakterier og ødelegge materialbalansesystemet i og utenfor bakteriene og forårsake død. De frie hydroksylmolekylene av hydrogenperoksid kan reagere direkte med proteiner og nukleinsyrer av mikroorganismer, noe som forårsaker at strukturen deres blir ødelagt og fører til døden.
Studier har også funnet ut at nedbrytningsproduktene av hydrogenperoksid kan hemme det bakterielle enzymsystemet og reagere med aminosyrer i enzymproteinkjeden.